A Baradla-barlang meglehetősen bonyolult vízrendszeréről, és annak működésről manapság már igen részletes, de teljesnek még mindig nem nevezhető adatokkal rendelkezünk. A lehulló csapadék a tetemes beszivárgás mellett számos felszíni víznyelőn keresztül jut be a rendszerbe, pl.: Kis-Baradla, Acheron-, Kis- és Nagy Ravaszlyuk-víznyelők. A barlangban eltűnő vizekre már Vass Imre felhívta a figyelmet, ő feltételezte elsőként egy mélyebb szintű járatrendszer létét. A nyomjelzéses vizsgálatok kimutatták, hogy a Baradla-barlang főága alatt két, egymástól hidrológiai szempontból független barlangrendszer húzódik: a Hosszú- és a Rövid-Alsó-barlang.