Az Aggteleki Nemzeti Park az Aggteleki-karszton, a Pannóniai flóratartomány (Pannonicum) Északi-középhegység flóravidékének (Matricum) legészakibb önálló flórajárásában, a Tornense területén helyezkedik el. Északról a Kárpáti flóratartomány (Carpaticum) határolja. A vegetáció nagyfokú változatossága és térbeli mozaikossága, egyrészt a sajátos karsztos felszínnek és a szélsőséges mikroklimatikus feltételeknek köszönhető, másrészt a terület biogeográfiai helyzetéből adódik. Nem csoda tehát, hogy a Kárpátok közelsége miatt itt a növényzet sokkal több magasabb hegyvidékre jellemző elemet tartalmaz, mint ahogyan azt a terület magassága és dombvidéki jellege alapján várhatnánk.
Ezért találkozhatunk északi kitettségű hegyoldalak bükköseiben, töbrökben, patakszurdokokban pl. ikrás fogasírrel (Cardamine glanduligera), fehér acsalapuval (Petasites albus), sudár kankalinnal (Primula elatior), karcsú sisakvirággal (Aconitum variegatum subsp. gracile), kövi szederrel (Rubus saxatilis), havasi ribiszkével (Ribes alpinum) és havasalji rózsával (Rosa pendulina), erdei gólyaorr (Geranium sylvaticum). Szigetszerűen, ritkaságként fordul elő nyúlfarkfüves sziklagyepben egy kárpáti-pannon bennszülött faj, a korai fehér szegfű (Dianthus plumarius subsp. praecox).
A száraz, meleg, meredek-sziklás, déli oldalakat ugyanakkor jellegzetes pannon növényzet borítja (pannon sziklagyepek és pannon molyhos tölgyesek) és ezek váltakoznak a lankásabb részek kontinentális erdőssztyepp-növényzetével. Itt él a tornai vértő (Onosma tornense – a genetikai vizsgálatok eredményeként napjainkban O. viridis), az osztrák sárkányfű (Dracocephalum austriacum),a pusztai árvalányhaj (Stipa joannis) és a csinos árvalányhaj (Stipa pulcherrima),a sárga-, borzas és árlevelű len (Linum flavum, L. hirsutum, L. tenuifolium),a szürke aszat (Carduus collinus) a tavaszi hérics (Adonis vernalis), a leánykökörcsin (Pulsatilla grandis) és a piros kígyószisz (Echium maculatum)
Az Aggteleki Nemzeti Park vegetációját az alapkőzet is befolyásolja. Ennek köszönhetően is kettősség figyelhető meg. A választóvonalat Aggtelek – Teresztenye – Perkupa között húzhatjuk meg. E határtól északra jobbára mészkőterületen sajátos karsztflóra és mészkedvelő vegetáció található, valamint helyenként dolomit növényzet is előbukkan. Ettől délre a nagy kiterjedésű elsavanyodott talajú Kavicsháton, az un. fedett karszton a nyugat-európai Heide-vegetációhoz sokban hasonlító csarabos növényzet és mészkerülő erdők élnek. A csarabosok névadó faja egy rózsaszín virágú félcserje a csarab (Calluna vulgaris), de találkozhatunk itt festő- és sváb rekettyével (Genista tinctoria, G. germanica), valamint nagyon ritkán szőrfűvel (Nardus stricta) is. Különlegesek ennek a területnek a víznyelőkhöz kötött társulásai az ún. völgycsillagos-hársasok (Astrantio-Tilietum). A fedett karszt savanyú talaján foltokban megjelenik a mészkerülő tölgyes (Genisto tinctoriae-Quercetum), melyben a kereklevelű körtike (Pyrola rotundifolia), a sasharaszt (Pteridium aquilinum), a fehérlő vánkosmoha (Leucobryum glaucum) és a fekete áfonya (Vaccinium myrtillus) is megél.
A terület klímazonálisan erdős jellegű, nagyobb részt a gyertyános-tölgyesek, kisebb részt a cseres-tölgyesek régiójába esik. Aljnövényzetük ritkább fajai a különböző orchideák, a madársisak (Cephalanthera spp.) és nőszőfű fajok (Epipactis spp.).
Bükkösök csak extrazonálisan fordulnak elő északi hegyoldalakon és hűvös töbrökben. Jellegzetes fajai a kora tavaszi farkasboroszlán (Daphne mezereum) és a pávafarkú salamonpecsét (Polygonatum verticillatum).
Ritkaságnak számítanak a szűk, többé-kevésbé meredekfalú, sziklás völgyekben a szurdokerdő-fragmentumok erdei holdviolával (Lunaria rediviva) és gímpáfránnyal (Asplenium scolopendrium).
A meredek kőkibúvásos letöréseken és töbrökben csak töredékes megjelenésűek a törmeléklejtő- és sziklaerdő foltok.
A sziklás gerinceken pedig valószínűleg másodlagosan kialakult hársas-kőrisesek figyelhetők meg, legnagyobb kiterjedésben a Fertős-tető környékén és a Nagy-oldalon.
Ennek az élőhelynek jellegzetes faja a kakasmandikó (Erythronium dens-canis).
A déli oldalakon, mélyebb termőrétegű talajon melegkedvelő tölgyesek, a sziklásabb, sekélyebb talajú részeken sziklagyepekkel, lejtősztyepp foltokkal váltakozó molyhos-tölgyes bokorerdők fordulnak elő. Az alacsony termetű, ritkásan álló molyhos-tölgy, sajmeggy és húsos som foltok között árvalányhajas gyepeken él a fent említett sztyeppfajokon kívül pl. a fehéres csüdfű (Astragalus vesicarius subsp. albidus).
A patak- és folyó-völgyeket égerligetek, puhafa ligeterdő maradványok, kisebb foltokban bokorfüzesek szegélyezik, valamint a források és bővizű patakok mellett egész éven át üde, virágos rétek tenyésznek. Itt még a mai napig viszonylag nagy kiterjedésű mocsárrétek, magassásosok és magaskórósok összefüggő állományai is vannak.
A vérfüves réteket díszítik kékeslila virágaikkal a szibériai nőszirom (Iris sibirica) és a kornistárnics (Gentiana pneumonanthe), míg az égerligetek különlegessége a bókoló gyömbérgyökér (Geum rivale).
Nagyon ritkák a völgytalpak szélén állandóan szivárgó rétegforrásokon kialakult gyapjúsásos láprétek, melyek szép orchideái a mocsári nőszőfű (Epipactis palustris) és a széleslevelű ujjaskosbor (Dactylorhiza majalis).
Végül mindenképpen említést kell tennünk az emberi tevékenység eredeti növénytakaróra gyakorolt hatásáról is. A falvak lakosságának a megélhetést az állattartás, mészégetés, szénégetés, fakitermelés és kisebb mértékben a földművelés biztosította. Kaszálók, legelők és földművelésre alkalmas területek kialakításához, fűrészanyag és tüzelőfa kinyeréséhez fakitermelésre volt szükség. Ez nagymértékben átalakította a térség vegetációját. Ma is jelentős kiterjedésűek azok a származék- és féltermészetes másodlagos társulások, pl. mezofil- és félszáraz rétek, sztyepprétszerű gyepek, fenyérszerű borókások és csarabosok, melyek az irtásokon jöttek létre. Az ember átalakító tevékenysége és az időjárási elemek együttes hatására révén maradtak kopárak a karsztoldalak karrmezői is.
Az erdőirtások által kialakított fennsíki legelők és kaszálórétek ma is számos ritka fajnak adnak otthont. Itt csodálhatunk meg számos orchidea fajt pl. gömbös kosbort (Traunsteinera globosa), vitézkosbort (Anacamptis pyramidalis), sömörös kosbort (Orchis ustulata).
A felhagyott szőlőhegyek másodlagos sztyepprétjein tömegesen virít az erdei szellőrózsa (Anemone sylvestris), de szép állományai vannak itt számos ritka orchideafajnak is pl. Janka-sallangvirág (Himantoglossum jankae), bíboros- és tarka kosbor (Orchis purpurea és O. tridentata) és szúnyoglábú bibircsvirág (Gymnadenia conopsea).
A településkörnyéki kisparcellás szántóföldi gazdálkodás pedig olyan ritka gyomnövényeket is megőrzött, mint a vetési konkoly (Agrostemma githago) és a kék búzavirág (Cichorium intybus)